Pierwszy zapis dotyczący grodu został odnotowany w kronice Piotra z Dusburga w 1263 r. Kolejny zapis opisujący atak Litwinów na osadę Brodnicę pochodzi z 1298. Po raz pierwszy jako „civitas” – a więc miasto, lokowane na prawie niemieckim – Brodnica była wzmiankowana w 1317. W XIV rozpoczęto budowę podwójnego pasa murów otaczających miasto, a także zbudowano zamek krzyżacki. Od 1466 roku znalazła się w granicach Polski. Jednym z najsławniejszych mieszkańców Brodnicy była księżniczka Anna Wazówna, siostra króla polskiego Zygmunta III Wazy, która mieszkała tu do śmierci w 1625 r. Jej głównym powodem opuszczenia królewskiego w Krakowie było jej protestanckie wyznanie. Ciekawostką Brodnicy jest trójkątny rynek, jeden z kilku tego typu w Europie.