W średniowieczu miasto nazywano Kismarton, co w języku węgierskim oznaczało „mały Marton” (węgierska wersja imienia Marcin) W XIV wieku pojawiło się określenie Eisenstat czyli potężny zamek. Dwukrotnie najeżdżane przez Turków, w 1648 roku trafiło w ręce węgierskiej rodziny Esterházy. Dla miasta oznaczało to początek „złotych lat”. Nowi właściciele zmienili je w swoją rodową siedzibę i ufundowali widowiskowe budowle, odmieniając wizerunek niewielkiego miasteczka. W Eisenstadt bywała m. in. sama Maria Teresa. Dla rodu Esterhazy pracował również Joseph Haydn, który w Eisenstadt został pochowany. Okres prosperity skończył się wraz z początkiem kłopotów finansowych magnatów.